Здравствуйте. Все зависит от того, является ли протекающая крыша частью общего имущества многоквартирного дома. Согласно ст. 36 ЖК РФ и п. 2 Правил содержания общего имущества, утвержденных Постановлением Правительства РФ № 491, крыша многоквартирного дома относится к общему имуществу собственников помещений. В этом случае обязанность по ее содержанию и ремонту лежит на управляющей организации в рамках договора управления (ст. 161, 162 ЖК РФ).
Однако если пристройка является самостоятельным объектом недвижимости, имеет собственную крышу, конструктивно не относится к общему имуществу дома и находится в собственности ООО, то расходы на ее содержание и ремонт несет собственник помещения (ст. 210 ГК РФ).
Поэтому для ответа нужно установить правовой статус пристройки и самой крыши: входит ли она в состав общего имущества МКД или относится исключительно к нежилому помещению ООО. Вопрос можно определить по технической документации дома и выписке из ЕГРН.
Для полного разбора вашего вопроса можете написать мне в личные сообщения.