Добрый день, Наталия!
Нет, это не ошибка. Написание Nataliia вместо Nataliya соответствует актуальному стандарту транслитерации ИКАО (Doc 9303), который применяет МВД РФ: сочетание букв «ия» передаётся как «iia», а не «iya».
Различия в транслитерации между старым и новым загранпаспортом не являются основанием для его изъятия или признания недействительным.
Если вас устраивает новое написание — ничего предпринимать не нужно, паспорт действителен.
Если важно сохранить старое написание (Nataliya) — при подаче заявления на паспорт можно приложить копию старого загранпаспорта и подать заявление в произвольной форме о сохранении прежней транслитерации.
Важно: при покупке авиабилетов указывайте данные точно как в новом паспорте, чтобы избежать вопросов при регистрации.
С уважением,
Виолетта Шаумян!