И как в итоге её сделать таковой, если в этом варианте не безопасная сделка?

Здравствуйте! Предложенная вам сделка — это крайне рискованная и незаконная схема, которую с точки зрения закона можно квалифицировать как мошенничество с налогами. Не советую в ней участвовать, так как основные риски лягут именно на вас.

В чем суть обмана и основные риски для вас:

Дробление сделки незаконно. Вместо одного договора купли-продажи автомобиля вам предлагают подписать два, искусственно занижая его стоимость. Такая сделка считается притворной (ст. 170 ГК РФ), то есть совершенной с целью прикрыть другую сделку на крупную сумму. Это прямое нарушение закона.
Вы не сможете вернуть свои деньги. Самый большой риск — финансовый. Если с автомобилем возникнут проблемы (вы захотите расторгнуть сделку из-за скрытых дефектов), по закону и через суд вы сможете взыскать с продавца только ту сумму, что указана в основном договоре — 720 000 рублей. Остальные ваши деньги, переданные наличными за «неотделимые улучшения», вернуть будет практически невозможно. Это подтверждается многочисленной судебной практикой.
Вы рискуете стать соучастником налогового преступления. Продавец-юридическое лицо занижает стоимость, чтобы уйти от уплаты НДС и налога на прибыль. Если налоговая выявит эту схему, она доначислит компании налоги и штрафы, а вас могут попытаться привлечь как соучастника, особенно если будет доказан ваш умысел в помощи уклонения от налогов.
Проблемы при будущей продаже. Когда вы решите продать этот автомобиль, в ГИБДД и налоговой будет зафиксирована его цена — 720 тысяч рублей. Если вы продадите его дороже (что вероятно) и не пройдет 3 лет, вам придется заплатить налог 13% с разницы, которая покажется налоговой необоснованно большой.
Как сделать сделку безопасной?

Единственно верный и законный путь — отказаться от этой схемы и настаивать на заключении одного договора купли-продажи (ДКП) с указанием полной реальной стоимости автомобиля — 2,2 млн рублей.

Для продавца-юрлица уплата налогов с реального дохода — это его обязанность по закону. Его попытка переложить эти риски на вас — признак недобросовестности.
Если продавец категорически отказывается указывать полную цену в ДКП, от сделки лучше отказаться. Вы рискуете потерять гораздо больше, чем просто автомобиль.
При необходимости готов вам предоставить весь алгоритм ваших действий или провести дополнительную консультацию только на платной основе. Если мой ответ был вам полезен — можете отблагодарить юриста — pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4417895/ За подробной консультацией обращайтесь в чат — pravoved.ru/private/chat/

Добрый день!

Для Вас сделка будет безопасной, если вы ее приобретете по цене, которую определит эксперт в своем заключении (стоимость оценки авто 3-5 тыс), при этом перечислите средства на счет компании.

В течении 3 лет после сделки в случае банкротства юр.лица вы несете риски того, что сделку могут признать недействительной в процедуре банкротства, взыскание суммы или возврат машины.

Сергей, здравствуйте. В данном случае, по такой схеме вы рискуете потерять и машину, и деньги без возможности их вернуть так как налоговая инспекция и суды легко раскрывают схему с занижением цены в ДКП и доплатой наличными через неотделимые улучшения, признавая её притворной сделкой на основании статьи 170 ГК РФ. Если у юридического лица в течение трех лет начнутся финансовые проблемы, арбитражный управляющий оспорит эту покупку по статье 61.2 Федерального закона «О несостоятельности (банкротстве)» как сделку по неравноценной (заниженной) стоимости.  Единственный способ сделать покупку безопасной — составить стандартный ДКП с указанием полной реальной стоимости автомобиля и перевести всю сумму безналичным расчетом на расчетный счет компании и получить от продавца документ подтверждающий оплату.