Сын признан погибшим на сво по суду, положена ли региональная выплата если захоронения нет

Да, региональная выплата в связи с гибелью участника СВО вам положена в полном объеме. Отсутствие тела бойца и самого факта захоронения не является основанием для отказа в выплате, если есть вступившее в силу решение суда о признании его погибшим.

Юридическое обоснование и порядок действий в вашей ситуации:

Юридический статус решения суда: Согласно Гражданскому кодексу РФ, вступление в законную силу решения суда о признании гражданина умершим (погибшим) влечет за собой точно такие же правовые последствия, как и фактическая (физическая) смерть человека. На основании судебного решения орган ЗАГС обязан выдать вам официальное Свидетельство о смерти.
Условия региональной выплаты: Региональная материальная помощь (которая в зависимости от субъекта РФ составляет от 1 до 3 млн рублей) выплачивается членам семьи по факту гибели (смерти) военнослужащего при исполнении обязанностей, а не по факту его похорон. Главным документом для Минсоцзащиты региона является свидетельство о смерти и справка из воинской части / военкомата об обстоятельствах гибели, а не справка о захоронении. 
Важное разграничение по выплатам (Что положено, а что нет):

Единовременная региональная выплата за гибель (а также федеральные 5 млн руб. по Указу Президента № 98 и страховка) — ПОЛОЖЕНЫ. Они выплачиваются на основании судебного решения и свидетельства о смерти.
Пособие на погребение / компенсация расходов на похороны — НЕ ПОЛОЖЕНЫ до момента фактического обнаружения тела и проведения захоронения. Поскольку реальных расходов на гроб, памятник и услуги кладбища вы сейчас не несете, целевая компенсация на погребение от Минобороны не выплачивается. 
Пошаговый алгоритм действий для получения денег:

Получите в суде копию решения с отметкой о вступлении в законную силу.
Обратитесь в ЗАГС и получите Свидетельство о смерти.
С полученным свидетельством обратитесь в военкомат для оформления документов на федеральные выплаты и одновременно в Управление социальной защиты населения (УСЗН) вашего региона для подачи заявления на региональную выплату. 

Отсутствие захоронения не лишает вас права на региональную выплату за погибшего сына. Решение суда полностью заменяет факт традиционного погребения для всех финансовых ведомств. Вам откажут только в компенсации расходов на похороны, но крупные единовременные выплаты (и региональные, и федеральные) обязаны перечислить в полном объеме. 

Если местная соцзащита устно заявляет, что без справки с кладбища денег не будет, это прямое нарушение закона.