Добрый день. Ситуация сложная, но не критичная. У вас сохранилась переписка с самозанятым, где он признается, что передал заказ другому лицу? Это докажет вашу добросовестность. Налоговой важно подтверждение реальности перевозок, а не формальное звено в цепочке, поэтому ваша задача — представить максимум документов и пояснений.
Соберите все, что подтверждает факт перевозок: договор с самозанятым, акты, чеки, заявки от клиентов и переписку с самозанятым (пусть даже там нет данных о машине). Напишите пояснения: указанная дата/маршрут, и что информация о машине вам не была передана.
Если перевозки действительно были, у налоговой не будет оснований для претензий (ст. 54.1 НК РФ). Даже договор с самозанятым без статуса ИП не влечет автоматических санкций, хотя риски переквалификации есть .
Для полного анализа вашей первичной документации и подготовки ответа в налоговую обращайтесь ко мне за подробной консультацией. Я помогу сформулировать пояснения так, чтобы избежать претензий.