Здравствуйте!
В вашей ситуации ключевое — не личное присутствие, а нотариально оформленное согласие. Такое согласие на распределение долей после использования материнского капитала можно оформить у любого нотариуса в том городе, где вы сейчас находитесь. Он удостоверит документ, и его спокойно примут по месту нахождения квартиры.
Если вы не можете или не хотите лично идти к нотариусу, есть второй вариант — оформить доверенность на представителя (например, на одного из родителей), чтобы он от вашего имени подписал все необходимые документы. Доверенность также делается у нотариуса.
Ещё как вариант, в ряде случаев нотариусы сейчас используют электронный документооборот, и документ можно подписать дистанционно через нотариуса с последующей передачей в другой регион, но это зависит от конкретных нотариальных контор и их технической возможности.
По сути, вам нужно просто выбрать удобный способ нотариального оформления, и проблема расстояния полностью снимается.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.