Здравствуйте! В вашей ситуации превышение 90-дневного срока для ребёнка само по себе не является препятствием для продления пребывания, если у него есть основание находиться в России вместе с вами как с родителем, имеющим ВНЖ. Для несовершеннолетних действует более мягкий подход: их срок пребывания может быть приведён в соответствие со сроком проживания родителя.
На практике МВД обычно оформляет продление (или сразу разрешает оформить РВП/ВНЖ ребёнку) без применения санкций, если ребёнок фактически проживает с родителем-иностранцем, у которого есть действующий ВНЖ и регистрация. Важно, чтобы у вас были подтверждающие документы: ваш ВНЖ, регистрация, свидетельство о рождении ребёнка и его регистрация по месту пребывания.
Тем не менее, формально нарушение срока уже есть, поэтому многое зависит от конкретного подразделения МВД. Иногда ограничиваются продлением без штрафа, иногда могут оформить административный протокол, но к детям меры применяются крайне редко, чаще ответственность возлагают на родителей.
Рекомендую не затягивать и обратиться в подразделение по вопросам миграции по месту регистрации ребёнка с заявлением о продлении срока пребывания или подачей документов на оформление статуса (РВП/ВНЖ для ребёнка). Это обычно снимает все вопросы.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!