Засчитывается ли таможенный стаж в пенсию МВД?

Почему не засчитывается?
Разные ведомства и законы:

Служба в таможне (ФТС) регулируется законом «О службе в таможенных органах РФ» (до 2004 г. — ГТК, затем ФТС). Это федеральная государственная гражданская служба (ФГГС, как вы и указали) или, в некоторые периоды, служба в правоохранительных органах (но иных, не МВД).
Служба в МВД регулируется законом «О службе в органах внутренних дел» — это правоохранительная служба (относится к военной/приравненной службе).
Смешение стажей не предусмотрено: Для получения пенсии за выслугу лет сотрудника МВД необходимо иметь льготную выслугу в МВД (или в иных силовых структурах: армия, ФСБ, МЧС, ФСИН и др., но только по перечню, установленному Правительством). Таможня не входит в этот перечень.
Даже гражданский стаж в таможне не «превращается» в специальный: Если вы были гражданским служащим (ФГГС) в таможне, то этот стаж является общим страховым (гражданским). При увольнении из МВД вы имеете право на вторую (страховую) пенсию по линии СФР (бывший ПФР), но для пенсии за выслугу лет от МВД этот период не учитывается.
Есть ли исключения?
Бывают редкие случаи, когда удается засчитать службу в таможне (в определенные годы) в «смешанный стаж» для пенсии МВД, но с очень жесткими условиями:

Если вы увольняетесь из МВД не по выслуге лет, а по достижении предельного возраста, состоянию здоровья или сокращению, и на момент увольнения у вас есть общий трудовой стаж 25 лет (из которых не менее 12,5 лет — в МВД или приравненных службах).
В этот «смешанный» (календарный) стаж включаются периоды любой оплачиваемой работы, в том числе на таможне.
Важное «НО»: Период с 2004 по 2011 год в таможне, скорее всего, не будет включен, если он проходил с присвоением специального звания таможенной службы (т.к. эти годы таможня уже не относилась к правоохранительным органам в том смысле, как МВД). Для включения нужна именно работа в органах, приравненных к военной службе. Таможня такой статус утратила (с 1998–2000-х годов, с некоторыми нюансами).
Что вам реально светит при выходе на пенсию из МВД?
Основная пенсия: Будет рассчитана исходя из выслуги лет в МВД (с 2013 года). Ваш стаж в таможне (2004–2011) в этот расчет не пойдет — ни дня.
Вторая (страховая) гражданская пенсия: После увольнения из МВД (при наличии необходимых баллов и возраста) вы можете получить страховую пенсию по старости от СФР. В её расчет войдет весь ваш стаж на таможне (как гражданская работа), а также работа в МВД (если вы отчисляли взносы, что обычно есть), но только в календарном (не льготном) исчислении. При этом назначение второй пенсии произойдет автоматически при достижении общеустановленного пенсионного возраста (с учетом переходного периода).
Что делать, если поступали иные сведения?
Иногда в интернете появляются ошибочные советы или старые нормативные акты. Если вам кто-то сказал, что таможенный стаж «прибавляют» к стажу МВД — скорее всего, речь шла о календарном стаже для смешанной пенсии (основания — ст. 13 Закона РФ от 12.02.1993 № 4468-1). Но и там таможня (как гражданская должность) с 2004 года — это просто работа, а не служба.

Мой совет: Окончательный ответ вам даст только отдел кадров вашего УМВД (по месту службы) или пенсионная группа кадрового подразделения МВД. Напишите рапорт с просьбой разъяснить, включается ли период работы в таможне с 2004 по 2011 гг. в выслугу лет для пенсии. Приложите копию трудовой книжки (там должно быть указано «ФГГС» или «специальное звание»). Скорее всего, вам откажут, но лучше иметь официальный ответ.