Здравствуйте! В вашей ситуации автоматически с воинского учёта вас не снимут. Постановка на учёт по месту пребывания (в другом городе на время вахты) сама по себе не прекращается только потому, что вы там больше не работаете.
По действующим правилам вы обязаны состоять на воинском учёте по месту жительства (то есть по вашей постоянной регистрации). Если вас поставили на учёт по месту пребывания, то снятие с него обычно происходит либо по вашему заявлению, либо при поступлении сведений о вашем убытии, но на практике военкоматы не всегда обмениваются такими данными своевременно.
Поэтому сейчас правильнее не ждать «автомата», а самостоятельно обратиться в военкомат по месту вашей постоянной прописки. Там либо запросят ваше дело из другого военкомата, либо подскажут, как корректно сняться с учёта по месту пребывания. Иногда могут потребовать подтвердить, что вы там больше не проживаете.
Если ничего не делать, формально может получиться ситуация двойного учёта или претензии за несообщение об изменении места пребывания.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!