Здравствуйте!
Сама по себе непостановка отметки при убытии из отпуска действительно считается нарушением порядка прохождения службы, но автоматически «грубым дисциплинарным проступком» это не становится. Ключевое значение имеет, были ли фактически нарушены сроки прибытия в часть и имелись ли негативные последствия. Если вы прибыли вовремя и отсутствие отметки — это формальность, обычно речь идет об обычном дисциплинарном взыскании, а не о строгом.
На практике командование нередко пытается квалифицировать такие случаи строже, чем это оправдано, но для этого должны быть основания: например, опоздание, самовольное отсутствие или иные нарушения. Если этого не было, у вас есть аргументы, что проступок не является грубым.
Сейчас вам важно спокойно зафиксировать свою позицию. При проведении разбирательства вы вправе дать письменное объяснение, и лучше это сделать. В объяснении стоит указать, что вы фактически прибыли своевременно, службу не нарушали, а отсутствие отметки произошло по причине (указать реальную причину: забыли, не разъяснили порядок, не было возможности и т.д.), без умысла уклониться от службы.
Если будет издан приказ о взыскании, вы вправе его обжаловать по команде или в военную прокуратуру. Срок для обжалования ограничен, поэтому затягивать не стоит. При явной несоразмерности наказания (например, строгий выговор или более серьезные меры без реальных последствий) такие приказы нередко отменяются.
Главное — не игнорировать ситуацию и не отказываться от дачи объяснений, потому что это только ухудшает положение.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!