Здравствуйте! В вашей ситуации важно разделить два момента: статус военнослужащего и круг получателей выплат.
Пока племянник официально числится пропавшим без вести, выплаты, как правило, носят временный характер и перечисляются тем лицам, которые указаны им в контракте или личных данных. Если он действительно указал сестру, она вправе получать такие выплаты на текущий момент.
Когда и если будет установлен юридический статус (например, признание погибшим), тогда вступают в силу нормы о единовременных и страховых выплатах. В этом случае круг получателей определяется законом, а не только волей военнослужащего. В первую очередь это родители, дети и супруг.
То, что отец не участвовал в жизни и не платил алименты, само по себе автоматически не лишает его права на выплаты. Он юридически остаётся родителем. Однако сестра может попытаться оспорить его право через суд, если есть основания, например, доказательства уклонения от родительских обязанностей. В отдельных случаях суды действительно могут учитывать такие обстоятельства, но это сложная категория дел и гарантированного результата нет.
Если говорить прямо: пока статус «пропал без вести» — сестра может получать выплаты по контракту. В случае признания гибели — отец формально также будет иметь право претендовать на выплаты, и тогда возможен спор.
Рекомендую заранее собрать документы, подтверждающие, что отец не участвовал в жизни сына (справки по алиментам, возможные решения судов, переписку и т.д.), чтобы при необходимости отстаивать позицию в суде.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович.