И что если я просрочил повестку, мне вообще зачтут это военкомат?

Добрый день.

10 апреля мне пришло от Минцифр ответ, что меня включили в список. Значит ли что мне все таки засчитали стаж, когда компания была неаккредитована?

 Да, Вам зачли стаж работы за тот период когда компания не была аккредитована.

Как уже говорил вам ранее формальным основанием для предоставления отсрочки от призыва является работа в аккредитованной IT организации. 

Хотя откровенно говоря, вопрос и дискуссионный, поскольку в постановлении Правительства РФ от 28.03.2022 N 490 «Об утверждении Правил предоставления права на получение отсрочки от призыва на военную службу гражданам Российской Федерации, работающим в аккредитованных организациях, осуществляющих деятельность в области информационных технологий»

основанием для предоставления отсрочки является работа:

в аккредитованных организациях по трудовому договору на условиях нормальной продолжительности рабочего времени (далее — граждане):
а) не менее 11 месяцев (334 дней) в течение года, предшествующего дате начала очередного периода отправки к месту прохождения военной службы

Во внимание должен приниматься факт работы в аккредитованной организации на дату обращения за получением отсрочки от призыва.

Поскольку Минцифры Вас включило в списки на предоставление отсрочки, то это подтверждает мой вывод о том, что отсрочка вам должна быть предоставлена.

В постановлении Правительства РФ указано, что 

4. Отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданам призывными комиссиями на основании списка граждан.

Таким образом, включение Вас в списки Минцифры является достаточным основанием для предоставления Вам отсрочки от призыва.