Здравствуйте!
Постоянная регистрация оформляется по месту нахождения жилья (ст. 20 ГК РФ, Постановление Правительства №713), то есть если объект в области — регистрация будет именно там. Подать заявление можно через МФЦ или Госуслуги в городе, без обращения в «паспортный стол» района, но окончательное оформление всё равно проходит через подразделение МВД по месту недвижимости. В некоторых случаях могут пригласить для сверки документов.
Итог: полностью без участия региона обойтись нельзя, но процесс в основном можно пройти дистанционно.
Буду благодарен, если вы положительно оцените мою консультацию, если она была полезна.