Здравствуйте, можете объяснить руководитель разве правильно делает с официальной части вычитает 13% её мы

Здравствуйте!

Отвечу прямо — здесь несколько нарушений одновременно.

 
Что происходит по факту

Зарплата разделена на две части — официальную и наличку. Это классическая серая схема. Сама по себе она уже нарушение — работодатель занижает налоговую базу и взносы в социальные фонды.

 
По поводу НДФЛ с наличной части

Здесь руководитель делает что-то странное и скорее всего неправильное. Объясню почему.

НДФЛ рассчитывается от всей суммы дохода — и официальной и наличной. Стандартная ставка 13%.

Стандартный налоговый вычет на ребёнка составляет 1 400 рублей на первого и второго ребёнка, 3 000 рублей на третьего. Это не сумма которую возвращают — это сумма, на которую уменьшается налогооблагаемая база. То есть с 1 400 рублей вы не платите 13% — экономия составляет всего 182 рубля в месяц, а не 3 700 как у вас.

Цифры 3 700 и 3 900 которые вы называете — это не стандартные суммы НДФЛ по вычетам. Это либо произвольные удержания, либо что-то другое.

 
Что это может быть на самом деле

Возможные варианты:

Руководитель придумал собственную схему удержаний не имеющую отношения к реальному НДФЛ
Это удержание за что-то другое — под видом налога
Реальный НДФЛ уже удержан с официальной части, а с наличной удерживают дополнительно необоснованно
 
Что делать

Попросите руководителя показать расчёт — из чего именно складываются суммы 3 700 и 3 900. Если внятного ответа нет — это тревожный сигнал.