Здравствуйте.
Если ваш сын попал в реестр по старому паспорту, это означает, что в базе МВД ограничения (например, запрет на въезд или иные меры) привязаны к его личности, а не только к номеру документа. Замена паспорта не аннулирует автоматически запись в реестре.
То, что вы въехали по новому паспорту и сделали регистрацию, не гарантирует отсутствия проблемы — при дальнейших действиях (продление, выезд/въезд) это может выявиться.
Вам необходимо:
Обратиться в подразделение по вопросам миграции МВД РФ по месту регистрации.
Подать заявление о проверке данных, указав оба паспорта (старый и новый).
Запросить разъяснение: на каком основании внесён в реестр и действует ли ограничение.
При наличии запрета — подать заявление о его снятии или обжаловать.
Итог: проблема не решается заменой паспорта, нужно официально «связать» старые и новые данные и урегулировать вопрос через МВД, иначе возможны сложности с продлением пребывания и при пересечении границы.