Вопрос - в военкомате (московском) информация из прдмосковной поликлиники, соответственно о его заболевании, попадёт автоматически или надо брать выписки?

Здравствуйте! Информация не попадёт в московский военкомат автоматически. Для того чтобы данные о состоянии здоровья были учтены при медицинском освидетельствовании в военкомате, необходимо самостоятельно предоставить соответствующие медицинские документы. 

Передача медицинских данных между учреждениями, в том числе между поликлиниками и военкоматами, регулируется строгими правилами. Согласно законодательству, медицинские данные могут передаваться только: с письменного согласия пациента.

Требуется оформить информированное согласие с указанием, кому передаются данные, цели передачи, состава данных и срока действия согласия. Или по официальному запросу учреждения, если это предусмотрено законом (например, по запросу суда, следственных органов и т. д.). 

Военкомат не имеет автоматического доступа к медицинским данным из других регионов, особенно если речь идёт о разных субъектах РФ (Москва и Московская область в данном случае). Электронные медицинские системы (например, ЕМИАС) чаще всего работают в пределах одного региона, и межрегиональный обмен данными не всегда налажен