Налогая не принимает в расчет уплату таможни, инвойс рассчитали по своему курсу, хотя мы за него больше

Добрый день! 

Самое простое — если сумма налога некритична, иногда проще заплатить, чтобы не тратить время.

Но если речь идет о десятках тысяч рублей налога

Убедитесь, что вы имеете право на вычет расходов (авто было в собственности менее 3 лет, есть все платежки).
Подайте декларацию (или уточненку) с включением в расходы стоимости авто + таможни + (спорно) доставки и услуг.
При отказе  обжалуйте в вышестоящем УФНС, затем в суде.
Если вы еще не подавали декларацию (срок до 30.04.2026), подавайте ее сейчас с максимальной суммой расходов, приложив все подтверждающие документы. Если проверка уже идет срочно пишите возражения.

Почему они так делают
Согласно НК РФ, уменьшить доход от продажи можно только на документально подтвержденные расходы на приобретение этого автомобиля.
ФНС считает, что расходами является только стоимость самого автомобиля (цена по инвойсу, контракту) и, возможно, таможенная пошлина. Остальное (доставка по Японии, фрахт судна, брокерские услуги, лаборатория, утильсбор) они часто признают «расходами на ввоз», а не «расходами на приобретение». Это спорная позиция, но они ей следуют.

Если нужна помощь с документами — пишите в чат.