Наше учреждение - детский сад, состоит из трёх зданий, находящихся на одной территории, в связи с уменьшением

Здравствуйте Надежда. Решение о закрытии конкретного здания принимает Учредитель (как правило, это местная администрация в лице Управления образования), а не руководитель детского сада.
В силу положений ст.  123.21 ГК РФ и ФЗ «О некоммерческих организациях» имущество закрепляется за учреждением на праве оперативного управления. Собственником имущества является муниципалитет. Только собственник (или орган, действующий от его имени) может принимать решение об изъятии имущества или изменении порядка его использования.