Освидетельствование признать существенной при рассмотрении дела в суде?

Тут все будет зависеть от того, что на видео, которое должно вестись при отсутствии понятых (ст. 27.12 КоАП РФ).

Если на видео не было предложено пройти освидетельствование на месте и водитель был направлен на МОСО, то есть смысл требовать в суде о прекращении производства.

Пример

В силу вышеприведенных положений направлению на медицинское освидетельствование на состояние опьянения должно предшествовать предложение уполномоченного должностного лица о прохождении освидетельствования на состояние алкогольного опьянения. 

Ссылка

https://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/71405150/

Если он прошел освидетельствование, но в протоколе о направлении на МОСО указано что он отказался, то как минимум следует требовать направления документов для исправления в ГАИ, что как минимум затянет время и создаст для ГАИ необходимость извещать привлекаемое лицо о времени и месте внесения изменений в протокол

ведь фактически продувка была (если их не будет в деле)

 Если видео было, а оно как я понимаю было, то оно все и должно показать

Так, согласно разъяснениям Верховного Суда РФ, данным в Постановлении Пленума Верховного Суда РФ от 25.06.2019 N 20 «О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при рассмотрении дел об административных правонарушениях, предусмотренных главой 12 Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях»

Отказ от выполнения законных требований уполномоченного должностного лица либо медицинского работника о прохождении такого освидетельствования образует объективную сторону состава административного правонарушения, предусмотренного статьей 12.26 КоАП РФ, и может выражаться как в форме действий, так и в форме бездействия, свидетельствующих о том, что водитель не намерен проходить указанное освидетельствование, в частности предпринимает усилия, препятствующие совершению данного процессуального действия или исключающие возможность его совершения, например отказывается от прохождения того или иного вида исследования в рамках проводимого медицинского освидетельствования. Факт такого отказа должен быть зафиксирован в протоколе о направлении на медицинское освидетельствование на состояние опьянения или акте медицинского освидетельствования на состояние опьянения, а также в протоколе об административном правонарушении.

Могут ли такую ошибку (неверно указанную причину направления на мед.освидетельствование) признать существенной при рассмотрении дела в суде ?

 Гарантированный ответ  на этот вопрос, как оценит суд указанные Вами нарушения, никто не даст, поскольку суд самостоятельно оценивает представленные доказательства по своему внутреннему убеждению, согласно ст. 26.11 КоАП РФ:

Судья, члены коллегиального органа, должностное лицо, осуществляющие производство по делу об административном правонарушении,оценивают доказательства по своему внутреннему убеждению, основанному на всестороннем, полном и объективном исследовании всех обстоятельств дела в их совокупности. Никакие доказательства не могут иметь заранее установленную силу.

Вы вправе изложить все свои доводы о допущенных нарушениях и заявить ходатайство об исключении из доказательств протоколов и актов, составленных с нарушением, как недопустимые доказательства.

 Ходатайство подается в суд в письменном виде в силу ст. 24.4 КоАП РФ. А вот как оно будет в суде — предугадать невозможно.

 В любом случае у Вас есть право обжалования судебного постановления.