Здравствуйте!
Да, сотрудники полиции имеют право останавливать любые транспортные средства при подозрении на нарушение ПДД, вне зависимости от должности или того, кто находится за рулём. Если ваш электровелосипед подпадает под категорию транспорта, требующую водительских прав, то проверка документов была правомерной, а единственное ваше нарушение — езда без прав.
Если у вас нет нарушений, кроме отсутствия прав, то законность остановки не зависит от должности начальника МРЭО — он имеет такие же полномочия, как любой сотрудник полиции. Важно, что электровелосипед с мощностью выше определённого порога считается транспортным средством, для управления которым нужны права, поэтому остановка для проверки документов и возможного нарушения была законной.