Андрей, добрый день!
По вашей ситуации участок находится в зоне подтопления или в водоохранной зоне, строительство нового дома может быть ограничено или запрещено градостроительными нормами, поэтому отказ администрации может быть законным.
Использование земельного участка должно соответствовать установленным ограничениям:
«Правовой режим земель, находящихся в зонах с особыми условиями использования территорий, предусматривает ограничения прав собственников» (ст. 56 Земельного кодекса РФ).
Также строительство на таких территориях допускается только при соблюдении специальных требований или после подтверждения безопасности:
«Осуществление строительства допускается при условии соблюдения требований безопасности и градостроительных регламентов» (ст. 51 Градостроительного кодекса РФ).
Но при этом если на участке уже зарегистрирован жилой дом, вы вправе провести его реконструкцию, а не новое строительство, либо добиваться признания возможности строительства через проектную документацию и заключения о том, что объект не создаст угрозы.
Поэтому, необходимо уточнить вид установленной зоны и ограничения, получить градостроительный план земельного участка, при необходимости заказать инженерные изыскания или рассмотреть вариант реконструкции существующего дома либо обжаловать отказ в суде, если ограничения применены неправомерно.
Если ответ оказался полезным, буду признательна за положительную оценку.