У меня стоит запрет на выезд из Молдовы, если я въеду в Молдову по паспорту РФ имеет ли право погран служба не выпустить меня также по паспорту РФ?

Здравствуйте. 

Да, молдавская пограничная служба имеет полное право и, скорее всего, не выпустит вас из Молдовы по российскому паспорту, если на вас наложен запрет на выезд.

Единая база данных и идентификация личности. Запрет на выезд налагается не на конкретный документ, а на вашу личность. Молдавские пограничники при проверке используют ваши персональные данные (ФИО, дата рождения, возможно, идентификационный код). Когда вы предъявляете российский паспорт, они сверяют эти данные с общей базой, и запрет всплывает в системе. Факт использования другого паспорта не отменяет существующего ограничения.
Юрисдикция Молдовы. Запрет на выезд — это решение молдавских государственных органов (чаще всего суда, службы судебных исполнителей или полиции). Это решение действует на всей территории Республики Молдова и обязательно для исполнения всеми её органами, включая пограничную службу. Они обязаны его исполнить, независимо от того, по какому паспорту вы пытаетесь уехать.
Правовые последствия. Попытка выехать, зная о запрете, может быть расценена как нарушение закона и повлечь дополнительные санкции (штрафы, ужесточение мер пресечения).
Что делать?

Не въезжать в Молдову до снятия запрета. Это самый надежный способ избежать проблем. Попасть на территорию страны вы, скорее всего, сможете (запрет на въезд и запрет на выезд — это разные процедуры). Но вот выехать обратно — нет.
Выяснить причину и орган, наложивший запрет. Обычно это:

Служба судебных исполнителей (Biroul Executării Judecătorești) — за долги (алименты, кредиты, штрафы, налоги).
Прокуратура или суд — в рамках уголовного или административного дела.
Полиция или пограничная служба — по иным основаниям.
Обратиться к молдавскому адвокату. Это необходимо для:

Получения точной информации о причине и условиях запрета.
Легального и быстрого решения вопроса (погашение долга, оспаривание решения и т.д.).
Подачи ходатайства о временном снятии запрета на выезд (если такое возможно в вашей ситуации).
Наложенный запрет на выезд из Молдовы является ограничением для вашей личности, а не для конкретного паспорта. Въезд в Молдову при наличии такого запрета крайне рискован, так как вас не выпустят до его полного и законного снятия. Решайте вопрос удаленно с помощью юриста.

Александр, здравствуйте!

Запрет на выезд из государства — это мера, накладываемая государственными органами. Такой запрет действует в отношении конкретного человека, а не в отношении документа, по которому он въехал или собирается выехать.
Если в базе данных пограничной службы у вас стоит ограничение на выезд, то оно будет применяться независимо от того, каким паспортом вы пользуетесь.

С уважением,

Афанасьев Вячеслав!