Здравствуйте!
При выезде из Казахстана с таким «просроченным» пребыванием почти наверняка будет протокол, дальше — штраф, и в зависимости от ситуации/решения могут назначить административное выдворение (депортацию) и запрет на въезд (часто до нескольких лет).
Депортировать в РФ могут — если будет выдворение, как правило отправляют в страну гражданства, то есть в Россию.
“Просто заплатить штраф и встать на учет задним числом” обычно не работает. Легализация делается через миграционную службу: либо оформляют основание (РВП/ВНЖ/виза/работа/учёба/семья), либо фиксируют нарушение и дают срок на добровольный выезд.
Выехать в третью страну можно, но это не гарантирует, что потом пустят обратно: если при выезде оформят выдворение или запрет — не впустят до окончания запрета.
Практически: лучше до выезда сходить в миграционную службу/полицию по месту фактического проживания, выяснить статус, возможный штраф и риск выдворения, и уже от этого выбирать сценарий (легализация или добровольный выезд без запрета).
Если будут какие-то вопросы, пишите в личные сообщения, разберем детальнее.
С Уважением, Магомедов М.М!