Хочу купить подержанный автомобиль у физического лица но он ее купил у юридического лица по договору

Здравствуйте!

1.Ваша ситуация требует ряда уточнений, поскольку для предоставления полноценной юридической консультации предоставленной информации пока не достаточно.

Если коротко, то риски покупки всегда есть и 100% их не избежать, помимо стандартных рисков, существует такой риск как оспаривание подозрительных сделок в рамках процедуры банкротства (статья 61.2 ФЗ «О несостоятельности (банкротстве)» . Банкротом может быть признан как продавец- юр.лицо, так и физ.лицо.

Как уменьшить риски в  вышеназванном случае, это уже предмет отдельной платной консультации

2.Все остальные моменты по вашей ситуации, могут быть детально разобраны в рамках отдельной платной  консультации. Если вам потребуется более подробная персональная консультация по вашей ситуации, напишите мне в чат. 

День добрый Илья Анатольевич.

о договору купли-продажи и есть чек оплаты

 В сам договор КП есть? Его нужно изучить на предмет правильности составления.

Если у вас не будет оригинала договора между ЮЛ и вашим Продавцом, ГИБДД откажет в регистрации. Вы должны подтвердить непрерывность перехода права собственности.

Если ЮЛ имеет долги или находится в стадии банкротства, на  ТС  может быть наложен арест уже после вашей покупки. Поскольку Продавец не ставил авто на учет, он мог не знать (или скрыть), что ЮЛ с проблемами. 

как правильно оформить такую сделку

Вам нужны оригиналы (или заверенные копии) следующих документов:
Договор №1: Между Юридическим лицом и вашим Продавцом (оригинал с синей печатью ЮЛ).
Акт приема-передачи к Договору №1 (если он предусмотрен договором).
Документ об оплате:  чек или приходный кассовый ордер, подтверждающий, что ваш Продавец полностью рассчитался с ЮЛ.
Договор №2: Между вашим Продавцом (физлицом) и Вами.