Первого ноября улетела в Казахстан, так как срок регистрации по местожительству истек (90 дней), обратно прилетела 10-го ноября, сразу же поехала в Сахарова за готовыми документами: результаты мед

Вы попали в реестр, скорее всего, по одной из следующих причин, связанных с нарушением сроков миграционного учета после пересечения границы: 
Нарушение срока постановки на миграционный учет после въезда. При пересечении границы Российской Федерации ваш предыдущий миграционный учет (регистрация) автоматически аннулируется. После возвращения в Россию у вас было ограниченное количество дней (обычно 7 рабочих дней для граждан Казахстана), чтобы снова встать на миграционный учет по новому адресу пребывания. Если вы пропустили этот срок до того, как обратились в Сахарово 10 ноября (в тот же день), это могло стать основанием для внесения в реестр нарушителей.
Истечение общего срока пребывания. Хотя у вас были основания для продления (брак с гражданином РФ), сам факт выезда из РФ обнуляет текущий период пребывания и требует соблюдения новых сроков регистрации при повторном въезде. Если на момент обращения в Сахарово вы уже нарушили срок обязательной постановки на учет после въезда, система автоматически фиксирует нарушение.

Автоматизированная система контроля. В Сахарово используется автоматизированная система, которая при сканировании ваших документов (паспорта, миграционной карты) выявляет любые нарушения миграционного законодательства, включая пропуск сроков регистрации.