Была в отпуске с 15.09 по 15.10, с 07.10 по 16.10 была по больничному листу, страховая компания оплатила, а организация нет, мне писать заявление в прокуратуру?

Здравствуйте, Марина!

Пока в прокуратуру рано, сначала нужно пройти досудебную процедуру.

Письменно обратитесь к работодателю
Подайте заявление (в 2 экземплярах — на вашем пусть поставят отметку о приеме) с требованием выплатить недополученные отпускные (или пересчитать отпуск с учетом больничного); указать, что страховая уже оплатила пособие, но работодатель не произвел начисление/перерасчет.
Дайте срок для ответа 3 рабочих дня.
Если реакции нет - 
Жалоба в Государственную инспекцию труда — они проводят проверку, выдают предписание и могут  наложить штраф.
Если и после предписания не выплатят тогда уже в прокуратуру или суд.
В прокуратуру можно подать обращение, указав даты отпуска и больничного, что страховая перечислила средства, что работодатель не выплатил причитающееся.

Период больничного входит в отпуск, но должен быть перенесен или продлен по вашему заявлению.
Работодатель обязан произвести перерасчет отпускных, а пособие по больничному выплатить в полном объеме.

Если Вы получили достаточный ответ на свой вопрос, буду благодарен отзыву!

За более подробной консультацией Вы можете обратиться ко мне в чат

Также Вы можете отблагодарить за проделанную работу! отблагодарить