Добрый вечер Дмитрий!
Ситуация требует осторожных действий, чтобы не допустить ошибок и сохранить возможность оспаривания больничных.
Порядок ваших действий:
Примите заявление об увольнении. Работник имеет право уволиться по собственному желанию, даже находясь на больничном. Вы обязаны принять заявление и начать процедуру.
На его заявлении напишите резолюцию: «Принять к исполнению. Трудовой договор расторгнуть [дата, указанная работником] с соблюдением порядка, предусмотренного ТК РФ».
Издайте приказ об увольнении.
В день увольнения (последний рабочий день):
Если больничный на эту дату еще не закрыт, вы не можете произвести окончательный расчет и выдать трудовую книжку. Эти действия совершаются только в день закрытия больничного. Работник приносит вам закрытый листок нетрудоспособности, и вы в этот же день рассчитываете его и выдаете документы.
Если больничный закрыт до даты увольнения, расчет и выдача документов производятся в стандартном порядке в день увольнения.
Важно: Увольняя его по его же желанию, вы не признаете законность этих больничных. Вы просто исполняете его волю на расторжение договора.
Что касается компенсации выплат по больничным:
Это отдельный, самостоятельный процесс, не связанный с увольнением.
Продолжайте свою проверку законности листков нетрудоспособности. Собирайте все доказательства их сомнительности (запросы в медучреждения, акты служебного расследования, показания свидетелей и т.д.).
Если проверка ФСС и ваша внутренняя проверка подтвердят, что больничные были фиктивными (например, по поддельным бланкам или выданные без оснований), вы сможете:
Подать иск в суд к уже уволенному работнику о взыскании неосновательного обогащения (суммы пособий, выплаченных на основании подложных документов).
Обратиться в правоохранительные органы с заявлением о мошенничестве (ст. 159 УК РФ), если есть признаки состава преступления.
Итог:
Не связывайте увольнение и спор по больничным. Увольняйте сотрудника в установленные сроки по его заявлению. А вопрос о возврате выплат решайте отдельно, через суд, по итогам проверок. Это правильный и юридически безопасный путь.