Имеет значение при этом, что авто куплено на номерах или без них?

Здравствуйте!

Да, вы можете поставить автомобиль на учёт в Хабаровске, даже если ваша регистрация (прописка) находится в Калининградской области. Согласно действующему законодательству РФ, регистрация транспортного средства возможна в любом подразделении ГИБДД на территории страны, независимо от места прописки владельца.
Если у автомобиля уже есть номера (например, вы купили машину с регистрационными знаками), вы можете сохранить их, если регион на номерах совпадает с регионом прописки нового владельца. В противном случае потребуется замена номеров на соответствующие вашему региону прописки. 

Если автомобиль куплен без номеров (например, новый автомобиль без регистрации), при постановке на учёт вам присвоят номера с кодом региона вашей прописки. Если в ГИБДД не окажется табличек с нужной комбинацией цифр, номера придётся изготавливать самостоятельно в аккредитованной организации.