Отказываются оплатить проезд обратно, потому что эти дни взяты за свой счёт

Здравствуйте. Да, такой отказ работодателя является законным. Правом на компенсацию расходов на проезд к месту отпуска и обратно можно воспользоваться только в период использования основного оплачиваемого отпуска. 

Нормы Трудового кодекса РФ и разъяснения напрямую связывают право на компенсацию с нахождением работника в ежегодном основном оплачиваемом отпуске. Если работник в это время находится в отпуске за свой счет, оснований для выплаты компенсации у работодателя не возникает.
 Что можно сделать в этой ситуации
Поскольку работодатель действует в рамках закона, оспаривать его позицию бессмысленно. Однако вы можете рассмотреть следующие варианты:

Скорректировать график отпусков: Если есть возможность, попробуйте договориться с работодателем о переносе дней отпуска за свой счет таким образом, чтобы дата вашего возвращения пришлась на дни основного оплачиваемого отпуска.
Уточнить локальные акты: Проверьте, не предусмотрены ли в вашей организации коллективным договором или иным локальным нормативным актом более льготные условия, например, компенсация проезда при любом виде отпуска. Хотя такая вероятность мала, она существует по инициативе работодателя. Спасибо за внимание.