Соглашение, чтобы вернуть цену за 1 мл и цену контракта?

1) Это государственный/муниципальный контракт по 44-ФЗ?
Почти наверняка да (закупка лекарств обычно идёт по 44-ФЗ). Для 44-ФЗ действует общий запрет менять существенные условия, кроме прямо разрешённых случаев из ст. 95. Менять цену вверх — нельзя (исключения крайне ограничены), вниз — можно только по п. 1.1 ч. 1 ст. 95 и без изменения иных условий (качества, количества, характеристик, и т.д.).
2) Можно ли «просто» подписать ДС № 2 и вернуть цену за 1 мл и цену контракта?
Как правило — нет. Если вы просто «повысите» цену после её снижения, это будет изменение существенного условия вне ст. 95 44-ФЗ — риски штрафов по КоАП за незаконное изменение условий контракта (ч. 3–4 ст. 7.30.2 КоАП РФ). 

 
3) А если ДС № 1 был оформлен с ошибкой — можно исправить?
Зависит от природы «ошибки».

Техническая/арифметическая ошибка (описка, неверная единица измерения, математический просчёт, который не меняет экономический смысл условий): обычно это не «изменение условий», а исправление ошибки. Тогда допустимо оформить ДС об исправлении ошибки с приложением расчётов/служебных записок и разместить в ЕИС как «исправление сведений» (но контролёры иногда просят основание — см. следующий пункт). 
Не «техника», а неверное применение ст. 95 (например, вы одновременно заменили производителя и снизили цену по п. 1.1): тут уже выход за пределы ст. 95. П. 1.1 допускает снижение цены только без изменения иных условий; а замена товара/производителя возможна лишь как «улучшение характеристик» по ч. 7 ст. 95 (и то при ряде оговорок). Простым ДС «назад» это лечить рискованно. 
 
4) А законодательство о лекарствах не накладывает особых ограничений?
Да, накладывает. По ряду закупок лекарств действует Постановление № 1289 и разъяснения Минфина: замена производителя/страны происхождения в ряде случаев не допускается (особенно при ограничениях допуска). Если замена производителя в ДС № 1 подпала под этот запрет, пункт о замене мог быть недействительным изначально. 

 
5) Если ДС № 1 «вне закона», можно ли восстановить исходную цену?
Да, но правильно. Изменение условий контракта с нарушением 44-ФЗ ничтожно: такие пункты допсоглашений суды признают недействительными; Верховный Суд последовательно подтверждает, что любые изменения вне ст. 95 ничтожны (в т.ч. об оплате/авансировании). В таком случае ваша задача — привести контракт и сведения в ЕИС в соответствие с законом, а не «повысить цену». Обычно это делается через предписание контрольного органа (самообращение/«саможалоба» в УФАС или финконтроль) или через суд. После этого оформляете ДС № 2 не как «увеличение», а как приведение условий к первоначальным (ссылаясь на предписание/решение суда). 

 
6) Какой безопасный алгоритм действий на практике?
Вариант А. «Техническая ошибка» — можно исправить силами сторон

Подготовьте служебное заключение (что именно ошибочно: формула, единица измерения, арифметика; почему это не меняет предмет/объём/качество).
Приложите расчёты, протокол разногласий/переписку с поставщиком с признанием ошибки.
Подпишите ДС «об исправлении технической (арифметической) ошибки» с формулировкой, что корректировка не является изменением существенных условий, а восстанавливает изначально согласованную цену за 1 мл.
В ЕИС разместите изменения как «исправление сведений» (если система даёт такой тип операции). Понимайте, что отдельные контролёры могут требовать подтверждение — оцените риски. 
Вариант Б. «ДС № 1 был незаконным» — идём через контрольный орган/суд

Юрзаключение: какой пункт ст. 95 был нарушен (например, одновременно меняли производителя и цену; либо замена запрещена в силу № 1289/письма Минфина).
Направьте в УФАС/орган внутреннего финконтроля самообращение с просьбой выдать предписание об устранении нарушения (отменить/не применять положения ДС № 1, восстановить исходные условия, скорректировать сведения в ЕИС).
Получив предписание (или решение суда), заключите ДС № 2: «признать положения ДС № 1 в части … недействительными (ничтожными) и установить цену за 1 мл/цену контракта в размере, предусмотренном контрактом от … № …», приложить предписание/решение.
Внесите изменения в Реестр контрактов ЕИС и, при необходимости, перерассчитайте оплату (доплатить разницу за уже поставленное по заниженной цене). 
Важное: формально вы не «повышаете» цену, а устраняете недействительное изменение. Это принципиально с точки зрения 44-ФЗ и ответственности.
 
7) Какие риски, если просто подписать ДС № 2 и вернуть цену?
Незаконное изменение условий — состав по ч. 3–4 ст. 7.30.2 КоАП РФ (штрафы на должностных и юрлиц; повышенные — при росте цены/допрасходах бюджета).
Оспаривание контролёрами/прокуратурой, признание ДС № 2 ничтожным, претензии к оплатам. 
 
8) Что, если контракт не по 44-ФЗ, а по 223-ФЗ?
Там режим гибче: смотрим Положение о закупке и документацию — можно ли менять цену и на каких основаниях. Но если закупка была конкурентной, без оговорённого механизма индексации/корректировки, «простое» возвращение цены тоже рискованно, особенно для лекарств (остаются ограничения по ЖНВЛП, предельным надбавкам региона и т.д.). В любом случае не выходите за цену/подходы, зафиксированные в закупочной документации.