Нужно ли это делать или можно просто выставить счета и акты на фактически выполненные работы и все?

Добрый день, Дмитрий! В Вашей ситуации  может потребоваться заключение дополнительного соглашения, если стороны согласны с уменьшением цены договора. 
Согласно п. 2 ст. 424 Гражданского кодекса РФ, после подписания контракта изменять стоимость можно только в ситуациях, которые предусмотрены законодательством или действующим договором. 
Дополнительное соглашение должно быть составлено в письменной форме и подписано обеими сторонами договора. Документ является неотъемлемой частью контракта и имеет такую же юридическую силу.

Добрый день.

необходимо ознакомиться с условиями договора, соответствующей перепиской,  с основаниями уменьшения объема, но в первоначальном приближении:

1. Вы не выполнили условия договора в части объема работ (что может повлечь как штрафные санкции, так и возмещение убытков), 

2. Следовательно, заказчик вправе не принимать у Вас работы, пока она не будет выполнена в полном объеме.

3. Таким образом, подписание дополнительного соглашения в Вашем интересе (чтобы акты соответствовали существенным условиям Договора)

 Статья 709 ГК РФ - Цена работы может быть твердой (определенной) или приблизительной. В вашем случае, скорее всего, была твердая цена.

Статья 720 ГК РФ — Сдача и приемка работ. Заказчик обязан в сроки и порядке, предусмотренные договором, осмотреть и принять результат работы.

Статья 450 ГК РФ -Изменение договора возможно по соглашению сторон.