Умер отец, у него было двое детей, дочь и сын, сын умер до момента смерти отца, но у него осталась

В соответствии со ст. 1157 Гражданского Кодекса РФ:

4. Отказ от наследства в случае, когда наследником является несовершеннолетний, недееспособный или ограниченно дееспособный гражданин, допускается с предварительного разрешения органа опеки и попечительства.

Как правило, орган опеки и попечительства согласовывает отказ несовершеннолетнего от наследства, если  у наследника были долги, и фактически получаемое наследственное имущество уйдёт за долги, либо  наследственное имущество неликвидно, и требует значительных вложений в его содержание.

Рассмотрите вариант не принимать наследство и не сообщать нотариусу о наличии несовершеннолетнего наследника по праву представления.

 как сделать отказ от доли наследства черещ опеку чтобы основания были веские

Отказ от наследства возможен только с предварительного согласия на это от органа опеки и попечительства,  в соответствии  со ст. 1157 ГК РФ, и  в соответствии со ст. 21 Федерального закона «Об опеке и попечительстве» от 24.04.2008 N 48-ФЗ, поскольку это влечет отказ от принадлежащему ему праву. 

В случае, если долгов нет, орган опеки и попечительства не выдаст указанное предварительное разрешение на отказ от принятия наследства от имени несовершеннолетнего ребенка. 

В связи с изложенным, Вы можете от имени несовершеннолетнего ребенка не подавать заявление о принятии им наследства, поскольку орган опеки и попечительства не даст вам предварительное разрешение на отказ от наследства. 

Ребенок был прописан вместе с отцом и мы так понимаем если не вступать в наследство, то он фактически все равно его принимает?

Уже в судебном порядке, в случае спора суд может исходя из этого обстоятельства признать его фактически принявшим наследство, согласно ч. 2 ст. 1153 ГК РФ, п. 36 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 29.05.2012 N 9 «О судебной практике по делам о наследовании».