это четко указано в соглашении)Должен ли я платить 6 процентный налог с этой суммы?

Если применяется объект налогообложения «доходы минус расходы», то вы учитываете в доходах сумму возмещения убытков, а в расходах — сумму ремонта. В таком случае никаких налоговых последствий не будет. Но, к сожалению, при объекте налогообложения «доходы» никаких расходов вы не учитываете. Поэтому платить налог с возмещения нужно. Здесь только один способ возместить потери на налоге — договориться с виновной стороной о большей сумме возмещения. 

Разъяснение приведено лишь с целью показать Вам мнение регулятора, которое подтверждает изложенную мной позицию. Не под каждый конкретный случай  имеются соответствующие разъяснения.

Не имеет значения речь о товаре или об иных потерях (ущербе).

В Вашем случае речь идет об ущербе, который в свою очередь является внереализационным  доходом и Вам надлежит его учесть в своих доходах.

и если я упла уплачу 6% мне просто не хватит средств на восстановление здания. Повреждения очень большие, поэтому и суммы немаленькие к сожалению.

Я это понимаю, но иного в Вашем случае не дано.

Значит Вам следует увеличивать сумму возмещения с причинителя вреда.