И ещё может ли кадровик отказать мне, если у меня нет диплома бакалавра?

Здравствуйте.

Нет, не может и не должен отказывать на этом основании. Более того, магистратура полностью удовлетворяет и даже превышает требование о наличии высшего образования уровня «бакалавриат».

Это самый важный момент в вашем вопросе. Согласно сложившейся юридической и кадровой практике:

Магистратура является следующим уровнем после бакалавриата. Требование профстандарта к образованию обычно формулируется как «высшее образование — бакалавриат» (т.е. не ниже бакалавриата). Магистр имеет квалификацию выше, чем бакалавр.
Трудовой кодекс РФ (ст. 195.3) прямо указывает, что профстандарты носят рекомендательный характер для большинства должностей. Исключение составляют должности, где законодательством прямо предусмотрены льготы, компенсации или ограничения (например, врачи, педагоги, госслужащие). Для большинства коммерческих организаций профстандарты — это ориентир, а не строгое правило.
Квалификация важнее формального соответствия. Ваш диплом магистра по управлению водным транспортом и 8-летний опыт работы по этому профилю являются гораздо более весомым аргументом, чем просто диплом бакалавра без опыта. Кадровик, отказывающий кандидату с магистерской степенью на том основании, что в стандарте написан бакалавриат, демонстрирует непонимание системы образования и требований законодательства.

Надеюсь, мой ответ был для Вас полезен. Если у вас остались вопросы, я с радостью постараюсь на них ответить. Ну а если всё понятно, буду благодарен за вашу положительную оценку — это помогает нам становиться лучше.