Здравствуйте.
Да, НДФЛ платить придётся, так как минимальный срок владения для освобождения — 5 лет (в ряде случаев 3 года, но это не ваш случай). Участок получен в 2023 г., продан в 2024 г. → срок владения менее 3 лет.
Налог считается с разницы между доходом и расходами:
Доход — 1 000 000 руб.
Расходы — стоимость участка по мировому соглашению (500 000 руб., если есть документальное подтверждение оценки/суммы).
Налогооблагаемая база = 500 000 руб.
НДФЛ = 13 % = 65 000 руб.
Если расходов подтвердить нельзя — можно применить имущественный вычет 1 млн руб. (ст. 220 НК РФ), тогда налог будет 0.
Итого: налог есть, но можно выбрать либо «доход – расходы», либо «доход – 1 млн» и платить меньше или вообще ничего.