Здравствуйте!
С учетом требований ГК РФ Статья 259.1. «Право общей долевой собственности собственников недвижимых вещей на общее имущество», установлено, что если в порядке, установленном законом, определены границы общей территории и предусмотрено создание на ней общего имущества, то собственникам земельных участков, расположенных на этой территории, принадлежат также доли в праве общей собственности на земельные участки.
Подробнее тут: https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_5142/e0f1601b3ec5b931176cc38192aea1a7d73e2215
Процедуры раздела имущества, находящегося в долевой собственности, выдела из него доли регламентированы статьёй 252 ГК РФ.
Нормой предусмотрено, что участник долевой собственности вправе требовать выдела своей доли из общего имущества.
Согласно п. 5 ч. 1 ст. 1 ЗК РФ, установлено, что одним из основных принципов земельного законодательства является принцип единства судьбы земельных участков и прочно связанных с ними объектов, согласно которому все прочно связанные с земельными участками объекты следуют судьбе земельных участков, за исключением случаев, установленных федеральными законами.
Подробнее тут: www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_33773/ae1af642112664f47a9e7afe92be8acce267e7e1
В связи с чем, с продажей нежилого помещения его собственник должен продать покупателю и принадлежащую ему долю в праве собственности на земельный участок под зданием, в котором расположено это помещение. Данная правовая позиция находит свое отражение и в судебной практике (например, определение СК по экономическим спорам Верховного Суда РФ от 03.03.2016 N 307-КГ15-14692).
При этом, с учетом п. 11 постановления Пленума ВАС РФ от 24.03.2005 N 11 «О некоторых вопросах, связанных с применением земельного законодательства», договор купли-продажи нежилого помещения, в котором будет отсутствовать условие о продаже совместно с ним доли в праве собственности на земельный участок под зданием, может рассматриваться как ничтожный договор.
Подробнее тут: www.garant.ru/consult/business/1113233
Вам следует обратиться в БТИ (план)\кадастровому инженеру (план межевания) с вашим вопросом и в дальнейшем в Росреестр.
чтобы ответить на ваш вопрос, надо знать что в выписке из ЕГРН сейчас, кто правообладатель участка?
что было в заявлении в МФЦ, надо разобраться. Может быть можно и этот договор сдать сейчас.