Здравствуйте.
1. Это очень комплексный вопрос и в рамках краткой консультации дать исчерпывающую информацию сложно. Слишком многое зависит от фактических обстоятельств: как именно будет выстраиваться работа, сколько учредителей будет у фонда и каков их состав (граждане, организации) и пр.
Самая важная информация у Вас в любом случае будет содержаться в уставе и поэтому именно этот документ нужно формировать наиболее пóлным образом и предусматривать конкретные правила управления.
Устав фонда должен содержать сведения о наименовании фонда, включающем слово «фонд» или слова «общественно полезный фонд», месте его нахождения, предмете и целях его деятельности, об органах фонда, в том числе о высшем коллегиальном органе и о попечительском совете, осуществляющем надзор за деятельностью фонда, порядке назначения должностных лиц фонда и их освобождения от исполнения обязанностей, судьбе имущества фонда в случае его ликвидации.
Статья 123.17. ГК РФ.
Далее, никакими положениями внутренних локальны актов Вы не измените общие правила, в соответствии с которыми руководитель (генеральный директор) фонда имеет остаточную компетенцию, то есть вправе делать только то, что не входит в компетенцию высшего коллегиального органа. При этом в уставе Вы можете расширить компетенцию коллегиального органа.
Если иное не предусмотрено законом или иным правовым актом, к исключительной компетенции высшего коллегиального органа фонда относятся:
определение приоритетных направлений деятельности фонда, принципов образования и использования его имущества;
образование других органов фонда и досрочное прекращение их полномочий;
утверждение годовых отчетов и годовой бухгалтерской (финансовой) отчетности фонда;
принятие решений о создании фондом хозяйственных обществ и (или) об участии в них фонда, за исключением случаев, когда уставом фонда принятие решений по указанным вопросам отнесено к компетенции иных коллегиальных органов фонда;
...
Законом или уставом фонда к исключительной компетенции высшего коллегиального органа фонда может быть отнесено принятие решений по иным вопросам.
Высший коллегиальный орган фонда избирает единоличный исполнительный орган фонда (председателя, генерального директора и т.д.) и может назначить коллегиальный исполнительный орган фонда (правление) или иной коллегиальный орган фонда, если законом или другим правовым актом указанные полномочия не отнесены к компетенции учредителя фонда.
К компетенции единоличного исполнительного и (или) коллегиальных органов фонда относится решение вопросов, не входящих в исключительную компетенцию высшего коллегиального органа фонда.
Статья 123.19. ГК РФ.
Поэтому, отвечая на Ваш вопрос, в первую очередь Вам нужно существенно в уставе ограничить компетенцию руководителя посредством наделения максимальным количеством полномочий коллегиального органа. Однако никакому сотруднику Вы просто так полномочия от других органов не передадите. Нужно либо предусматривать для него какую-то отдельную должность (она все равно не должна конкурировать с компетенцией органов управления), либо «изворачиваться». Если выбирать второй путь, то всегда те или иные сделки (действия) теоретически могут быть оспорены в суде.
2. Но руководитель все равно будет оставаться руководителем и полностью избежать рисков принятия каких-то некорректных оперативных решений с его стороны Вы не сможете. Здесь нужно работать над выбором верной кандидатуры руководителя.