Подскажите, пожалуйста, доля в квартире считается от общей площади в квартире(с учетом лоджии) или от площади квартиры без лоджии или от жилой площади?

При расчёте долей в квартире чаще ориентируются на общую площадь. Это соответствует принципу равного доступа к всем частям жилого помещения. 
Общая площадь квартиры складывается из суммы площадей всех её частей, включая вспомогательные помещения (кухню, ванную, коридоры, кладовые). Жилая площадь — это сумма площадей всех жилых комнат в квартире (спален, гостиных, детских). 
Также общая площадь учитывается, например, при начислении платы за отопление и общедомовые нужды. При этом площади лоджии и балкона рассчитываются с понижающими коэффициентами 0,5 и 0,3 соответственно. 

Здравствуйте Мария Васильевна!

Согласно ч. 5 ст. 15 ЖК РФ общая площадь жилого помещения состоит из суммы площади всех частей такого помещения, включая площадь помещений вспомогательного использования, предназначенных для удовлетворения гражданами бытовых и иных нужд, связанных с их проживанием в жилом помещении, за исключением балконов, лоджий, веранд и террас. 

Жилая площадь это только комнаты (спальня, гостиная и т. д.).
Общая площадь это жилые комнаты + вспомогательные помещения (кухня, коридор, ванная, туалет, кладовка).
Именно общая площадь без лоджий/балконов берётся за основу при определении долей.