Администрация района предписала убрать колоновидную яблоню (высота в пределах 2.5м которую я каждый год подрезаю) которая растёт в метре от забора соседа, иначе грозит выписать штраф

Здравствуйте Дмитрий! 

 
1. Что говорит закон и нормы
По СНиП 30-02-97 (актуальные нормы планировки участков) и по ст. 10.3 СП 53.13330.2011:

деревья должны высаживаться не ближе 4 м от границы участка,
кустарники — не ближе 1 м.
Даже если яблоня низкорослая и вы её подрезаете, формально это дерево, и оно попадает под правило 4 метров.
 
2. Что может сделать администрация
Если поступила жалоба от соседа, администрация вправе вынести предписание.
При невыполнении могут составить протокол об административном правонарушении (обычно штраф по ст. 7.1 или 7.17 КоАП РФ).
Суммы небольшие (от 1 до 5 тыс. руб.), но неприятно.
 
3. Возможные варианты действий
Мирный вариант с соседом

Получить от него письменное согласие, что он не возражает против дерева.
Иногда администрация закрывает глаза, если спора нет.
Обжалование предписания

Можно подать жалобу в районную администрацию или в суд, если считаете, что яблоня не мешает и фактически является кустарником (аргумент: низкорослая, регулярно подрезается, высота < 3 м).
Судебная практика есть разная: иногда суды приравнивают такие деревья к декоративным насаждениям.
Пересадка / замена

Практичный вариант: пересадить яблоню дальше от забора (или заменить на кустарник).
Это дешевле и спокойнее, чем судиться.
 
Итог:
Формально администрация права — норма 4 м от границы для деревьев действует.
Чтобы не получить штраф:

либо пересадить яблоню,
либо попробовать доказать, что это декоративное растение (кустарник), а не полноценное дерево.