Судя по наличии военного билета Ваш супруг либо проходил службу на Родине, либо был зачислен в запас ВС Таджикистана. Поэтому, получив гражданство РФ, он должен встать в 2-х недельный срок на учет в военном комиссариате по месту жительства, представив копию военного билета Таджикистана, переведенного на русский язык и заверенную нотариально. После оформления российского военного билета, военный билет Таджикистана будет изъят в военном комиссариате и уничтожен установленным порядком.
С Таджикистаном имеется международное соглашение о взаимном признании воинских званий, поэтому при постановке на учет в России учитывается звание, служба или законность ее непрохождения, вынесенные в Таджикистане.
Службы Вам бояться не стоит, а вот срок постановки на учет лучше не нарушать, во избежание штрафа и лишения гражданства РФ