Можно ли продать комнату, купленную на материнский капитал, если у мужа есть квартира?

Вам нужно обязательно выделить доли детям и при продаже комнаты нужно будет согласие органов опеки, а также гарантировано выделение равноценных долей в новом жилье. 

Можете продать при условии что орган опеки и попечительства даст разрешение и детям или ребёнку будет обеспечено жилое помещение.

При покупке на маткапитал вы обязаны выделить доли всем членам семьи, включая детей (обычно пропорционально вкладу маткапитала в стоимость). Это делается в течение 6 месяцев после покупки или снятия обременения (если была ипотека).
Если доли ещё не выделены: Составьте нотариальное соглашение о распределении долей (или дарственную) и зарегистрируйте в Росреестре. Без этого продажа невозможна.

Дети получат равнозначные или большие доли в новой недвижимости (в вашем случае — в квартире мужа). Квартира мужа должна быть не хуже по качеству, площади и стоимости (оценивается по кадастровой стоимости или экспертизе).