Что делать военнослужащему при самовольном оставлении части во время лечения в госпитале?

Здравствуйте, Николай.
Я бы рекомендовал составить обращения, изложив подробно Вашу ситуацию с лечением и датами его прохождения (с подтверждением соответствующими справками (копиями)) и направить эти обращения в:
— в/ч, где Вы в последний раз находились в списках личного состава в/ч;
— военную прокуратуру
— МО РФ
— военный комиссариат. 
В части требований следует указать о возобновлении денежного довольствия, исключения из списков СОЧ, разъяснении Вашего текущего статуса (т.е. — к какой в/ч на данный момент Вы отнесены).
В зависимости от ответов действовать дальше.
Если необходима помощь в составлении документов, обратитесь к любому соответствующему юристу на Ваш выбор, который согласится Вам помочь с этим вопросом.