И при заключении договора, будет ли начисления за прошлые месяцы аренды?

Здравствуйте, Наталья!

Кто должен заключать договор?

Если павильон не является частью ТЦ (где собственник организует вывоз мусора централизованно), то вы как арендатор обязаны заключить договор с регоператором (ст. 24.7 ФЗ № 89 «Об отходах»).
Если собственник не предоставляет услугу вывоза, он нарушает закон, но ответственность за отсутствие договора лежит на вас.
Как рассчитывается тариф?

Для производственных помещений (пекарня) тариф выше, чем для офисных.
Оплата идёт за всю площадь (40 м²), но можно попробовать оспорить расчёт, если часть площади не используется для работы.
Будут ли начисления за прошлые месяцы?

Да, регоператор может выставить задолженность с момента начала работы пекарни (если докажет, что отходы образовывались).
Но если ранее никто не требовал договор, можно попробовать оспорить начисления через суд.
Что делать?
Заключите договор, иначе грозит штраф (до 250 тыс. руб., ст. 8.2 КоАП РФ).
Проверьте категорию отходов (производственные или ТКО) — это влияет на тариф.
Требуйте от собственника компенсации части затрат, если он не обеспечил вывоз мусора.

Если регоператор начисляет необоснованные суммы — жалуйтесь в Росприроднадзор.

Почему требование о заключении договора предъявили именно вам?
Ваш вид деятельности (пекарня = пищевое производство)

У вас образуются пищевые отходы, которые относятся к ТКО (твёрдым коммунальным отходам) или даже к опасным отходам (если есть масла, упаковка и т. д.).
У соседей (если они, например, торгуют одеждой или оказывают услуги) отходов меньше, и регоператор может пока не проверять их.

Если информация была полезной, прошу оставить отзыв и/или оценить ответ на Ваш вопрос, также, вы можете отблагодарить меня по этой ссылке.