Размер вашей пенсии военного пенсионера не изменится вне зависимости от места вашего проживания или прописки. Пенсия начисляется централизованно Министерством обороны РФ и выплачивается фиксированную сумму ежемесячно.
Что касается субсидии на оплату жилья и коммунальных услуг, которую вы ожидаете, важно отметить, что региональные льготы и субсидии предоставляются по месту постоянного проживания (прописки). В частности, если вы прописаны в Вологодской области, значит, субсидии рассчитываются исходя из местных тарифов и стандартов потребления жилищно-коммунальных услуг, установленных администрацией Вологодской области.
Поэтому, если вы снимаете жилье в другом регионе (например, Краснодар), то получать субсидию будете на условиях Вологодской области, а местные льготы Краснодарского края не распространяются на вас.
То есть пенсия останется неизменной, а субсидия будет рассчитана по стандартам той местности, где вы официально зарегистрированы.
Советую также уточнить дополнительную информацию в Пенсионном фонде Минобороны РФ или региональном управлении социальной защиты населения Вологодской области.