Кто должен будет выплатить компенсацию и должны ли?

В вашей ситуации многое зависит от содержания договора с подрядчиком и обстоятельств отказа администрации. Если разрешение на строительство – обязательное условие договора, а его получение оказалось невозможным не по вашей вине, стороны обычно освобождаются от обязательств, и подрядчику выплачивается только компенсация за понесённые фактические расходы (например, подготовку документации). Вы не обязаны оплачивать всю стоимость работ, которые не были начаты, но обязаны возместить подрядчику обоснованные расходы, если это предусмотрено договором. Это регулируется статьями 450 и 451 Гражданского кодекса Российской Федерации от 26.01.1996 № 14-ФЗ. Рекомендуется внимательно изучить ваш договор и приложить документы по отказу администрации для возможной защиты своих интересов.