Как мне быть и законно ли это все

Доброй ночи.

Ситуация очень неприятная, и, к сожалению, довольно распространённая при использовании терминалов самообслуживания. Разберёмся, что делать и что вам грозит по закону.

Что произошло:
— Вы оплатили большую часть товара;
— Проблему со сканированием решал сотрудник магазина;
— Недостающие два сырка оказались не пробиты из-за ошибки терминала или сотрудника;
— Вы не пытались спрятать товар, не убегали, и сразу согласились оплатить недостачу;
— Ущерб мелкий и не нанесён умышленно.

Что вам могут вменить:
КоАП РФ, ст. 7.27 — мелкое хищение (до 2 500 рублей).  Это административная ответственность (штраф до 5 000 руб. или арест до 15 суток). Но обязательный элемент — умысел. Без него состава правонарушения нет. Вы умысла не имели, сразу сотрудничали и хотели доплатить, это ключевой момент в вашу защиту.
Если подадут заявление:
Будет проверка участковым или дознавателем, но вряд ли это дойдёт до суда. Особенно если магазин не представит видео, где вы сознательно укладываете неоплаченный товар; если в чеке указана оплата других товаров, и вы не скрывались; если вы сразу согласились доплатить.

Что делать:
Дождитесь, вызовет ли вас полиция. Если вызовут, идите с копией чека, расскажите ту же последовательную историю (как здесь), потребуйте просмотр видеозаписи с терминала (она покажет, что вы ничего не прятали и действовали открыто), заявите, что была техническая ошибка, и вы не имели умысла похитить товар.

Пример формулировки, если будете писать объяснение повторно:
«Я оплачивала все товары через терминал самообслуживания. Возникли проблемы со сканированием, и сотрудник магазина самостоятельно что-то исправил, после чего я завершила оплату. Я не знала, что часть товаров не прошла. Когда охранник сообщил об этом, я сразу согласилась оплатить разницу. Умысла на хищение у меня не было.»
Что будет:
Скорее всего, дело не дойдёт даже до административного протокола. Но если вас всё же вызовут в отдел, можно прийти с юристом или защитником по доверенности — особенно, если Вас попытаются запугать или склонить к признанию «вины». 

Рекомендации:
— Не подписывайте документы, которые вы не понимаете или с которыми не согласны.
— При составлении объяснений указывайте, что не имели умысла на хищение, а недоразумение произошло по вине терминала или сотрудника магазина.
— Не признавайте вину, если вас попросят «для порядка» или «чтобы было проще». Даже формальная фраза типа «да, наверное, виновата» может быть истолкована против вас.

Не переживайте — всё указывает на то, что речь идёт о обычном недоразумении, а не о хищении. Вы действовали открыто, сотрудничали с охраной и полицией, предложили оплатить разницу, а значит, никакого умысла в ваших действиях не было. Это главное. Без умысла нет состава правонарушения. Без видеозаписи или иных доказательств нет шансов доказать хищение. Даже если заявление поступит, всё закончится на стадии проверки, особенно если вы будете спокойны, последовательны и отстаивать свою правду. 

Кроме того, не стоит придавать чрезмерное значение словам охранника вроде: «мы будем подавать заявление».  Охранник — не юрист и не уполномоченное лицо. Его задача — следить за товаром, а не решать судьбы людей. Часто такие заявления делаются только чтобы напугать и показать важность. Так что сохраняйте спокойствие.