Как я это понимаю, они не могут найти данный автомобиль в онлайн базе ГИБДД и поэтому отказываются заносить его в дело

Здравствуйте, Кирилл!

я хочу забирать дело из этой организации и обратиться в другую

 Вы не можете этого сделать. Открытое наследственное дело может быть передано другому нотариусу только в случае передачи всего архива одного нотариуса другому нотариусу (например, в случае смерти первого нотариуса). И решает, кому передать архив нотариальная палата субъекта РФ.

Пожалуйста подскажите дальнейший ход моих действий.

 обратиться в ГАИ и получить бумажный документ, подтверждающий учет ТС в ГАИ. Для запроса Вам может понадобится справка от нотариуса о том, что Вы входите в круг наследников, принявших наследство.

Если и после предоставления такого документа нотариус откажет в выдаче свидетельства о праве на наследство на автомобиль, то придется обращаться в суд для оспаривания отказа нотариуса.

Если ГАИ откажется выдать подтверждающий документ, надо будет получить письменный отказ и тогда, скорее всего, уже придется обращаться в суд для признания права собственности на ТС в порядке наследования (хотя может можно будет и отказ оспорить, если будет именно отказ в выдаче документа, а не отрицание наличия учета ТС).

Наследник, принявший часть наследства, считается принявшим все наследство, в т.ч. имущество, которое может быть разыскано в будущем, так что если будет свидетельство на любое другое имущество и будут документы на ТС и его физическое наличие, дело будет не слишком сложным. 

Если Вам помог мой ответ, Вы можете отблагодарить меня небольшой суммой через мой профиль по ссылке.

Дополнительные вопросы Вы можете задать мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).