Здравствуйте!
Можете заключить трехсторонний договор мены между всеми участвующими ООО.
В соответствии с ч. 1 ст. 567 ГК РФ,
по договору мены каждая из сторон обязуется передать в собственность другой стороны один товар в обмен на другой.
В вашем случае структуру договора можно сделать таким образом:
ООО 1 передает ООО 3 земельный участок и принимает обязательство достроить дом
ООО 3 передает ООО 2 коммерческую недвижимость
В договоре указывается, что встречным предоставлением для ООО 3 является имущество, передаваемое от ООО 1.
Согласно п. 1 ст. 556 ГК РФ, передача недвижимости оформляется подписанием передаточного акта. Переход права собственности подлежит государственной регистрации.
Что касается налогов, при мене возникает обязанность по уплате НДС и налога на прибыль, поскольку мена признается реализацией (п. 1 ст. 39 НК РФ).
Можно создать новое ООО и внести имущество в уставный капитал. Например ООО 1 и ООО 3 могут быть учредителями нового ООО 4, ООО 1 вносит в уставный капитал ООО 4 земельный участок, ООО 3 вносит в уставный капитал ООО 4 коммерческую недвижимость. После регистрации ООО 4, его доли продаются ООО 2.
Согласно пп. 4 п. 3 ст. 39 НК РФ, передача имущества в качестве вклада в уставный капитал не признается реализацией и не облагается НДС. При последующей продаже долей ООО 4 также не возникает обязанности по уплате НДС (пп. 12 п. 2 ст. 149 НК РФ).
Либо ООО 3 заключает с ООО 2 предварительный договор купли-продажи коммерческой недвижимости, ООО 1 и ООО 3 заключают договор купли-продажи земельного участка. После исполнения обязательств по первому договору, ООО 3 и ООО 2 заключают основной договор купли-продажи. Обязательство достроить дом до конца года необходимо оформить договором строительного подряда в соответствии со ст. 740 ГК РФ. В договоре предусматривают точные сроки выполнения работ, ответственность за нарушение сроков, обеспечительные меры (банковская гарантия, залог, поручительство), порядок приемки работ.
Кроме того, необходимо учесть ст. 54.1 НК РФ
Не допускается уменьшение налогоплательщиком налоговой базы и (или) суммы подлежащего уплате налога в результате искажения сведений о фактах хозяйственной жизни (совокупности таких фактов), об объектах налогообложения, подлежащих отражению в налоговом и (или) бухгалтерском учете либо налоговой отчетности налогоплательщика.
Доля участия 50 % в ООО № 2 принадлежит 100 %-ому участнику ООО № 1?