Будет ли сохранена отсрочка у меня, если я на 2 курсе магистратуры планирую брать академический отпуск на срок меньше года (360 дней)?

Как указано в подпункте «а» пункта 2 статьи 24 Федерального закона от 28.03.1998 N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»:

Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином:

получившим во время освоения образовательной программы академический отпуск или перешедшим в той же образовательной организации с одной образовательной программы на другую имеющую государственную аккредитацию образовательную программу того же уровня образования либо переведенным в другую образовательную организацию для освоения имеющей государственную аккредитацию образовательной программы того же уровня образования. Право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином по основаниям, предусмотренным настоящим абзацем, только при условии, если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации или в образовательной организации, из которой осуществлен перевод, не увеличивается или увеличивается не более чем на один год...

Во время учебы на бакалавриате был совершен перевод с потерей года (со 2 курса на 1).

Будет ли сохранена отсрочка у меня, если я на 2 курсе магистратуры планирую брать академический отпуск на срок меньше года (360 дней)?

 При переводе срок отсрочки у Вас увеличился не более чем на один год.

Но если Вы ещё будете брать академический отпуск, то, соответственно, общий срок отсрочки увеличится более чем на один год, в связи с чем право на отсрочку будет утрачено.