Здравствуйте!
Справка о приеме документов на ВНЖ подтверждает, что вы находитесь в процессе получения ВНЖ, но она не освобождает вас от ответственности за просроченную миграционную карту. На момент прохождения таможни ваше правовое положение может быть проверено.
В принципе, на границе могут возникнуть вопросы, так как миграционная карта просрочена. Однако, если у вас есть справка о подаче документов на ВНЖ и вы предоставляете её таможенным органам, это может служить доказательством того, что вы не уклоняетесь от выполнения миграционных обязательств, и процесс получения ВНЖ в настоящее время идет.
Теоретически, с пропиской в РФ и подтверждением подачи на ВНЖ, шансы пройти таможню без проблем есть, но это зависит от конкретной ситуации и решении пограничных и миграционных органов.